کتاب «انسان شناسی فلسفی» در سه فصل تدوین شده است که طبق مقدمه مؤلف «در فصل نخست، مقدماتی ناظر به موضوع، گستره، هدف و روش پژوهش» ارائه شده است.
فصل دوم که سهم عمده ای از اثر را به خود اختصاص داده است، به نفس و احکام هستی شناختی آن می پردازد. این فصل به ابعاد و مسائل مختلف نفس پرداخته و مسائل آن عبارتند از: پیشینه ای کوتاه از توجه حکما به نفس در مباحث فلسفی، تعریف نفس، اقسام نفس، اثبات وجود نفس، رابطه روح و نفس، حدوث نفس، هویت و دلایل تجرد آن، قوای نفس و ارتباط آنها با خود نفس، ارتباط نفس با بدن، فاعلیت نفس با تطبیق بر گونه های مختلف فاعلیت به تحلیل فلسفی، سرنوشت نفس پس از مرگ و جایگاه نفس در عالم هستی.
اما در فصل سوم، عقل به بحث نهاده شده و همانند مبحث پیشین، از مبادی تصوری آغاز شده و با مبادی تصدیقی و اثباتی، ادامه یافته است. از آنجا که آرای فلسفی امام(س) درخصوص عقل حجم کمی دارد، این بحث نیز دارای حجم کمتری نسبت به فصل پیش یعنی نفس است. در این فصل، چیستی و تعریفات حکما از عقل و اقسام و مراتب عقل و نیز دو عنوان مهم «عقل انسان شناختی» و «عقل هستی شناختی» بررسی شده و نتایج هرکدام بر اساس ترتیب ادله ارائه شده است.