«تهذیب الاصول» شرح و معرّفى برخى از نظريات مهمّ امام در اين مقاصد و فصول مشهور در تعريف موضوع علم گفتهاند: موضوع هر علمى عبارتست از مطالب كه از عوارض ذاتى آنها در آن علم بحث مىشود. امام اين مطلب را قبول ندارد و بر اين باور است كه موضوع علم گاهى نسبت آن به مسائل نسبت طبيعى به افراد است؛ مانند علوم عقلى و گاهى نسبت كل است به اجزاء؛ مانند علوم تاريخ و جغرافيا و گاهى موضوع تمام مسائل موضوع علم است؛ مانند دانش عرفان كه موضوع علم الله و موضوع مسائل نيز همان است.
در مبحث مجاز، ايشان پس از نقد و بررسى كلام سكاكى، نظريه مرحوم ابوالمجد شيخ محمدرضا اصفهانى در وقايه الاذهان را مىپذيرد و مىفرمايد، لفظ در تمام مجازها اعم از استعاره و مجاز مرسل و مجاز در حذف و كنايه و اعم از اين كه لفظ مفرد باشد و يا مركب در تمامى اين موارد لفظ در موضوع له به كار رفته است؛ ولى تطبيق معناى موضوع له بر آنچه اراده كرده، همراه است با ادّعاى اين كه موضوع له همان است كه گوينده اراده كرده است و بالعكس.
يكى از مباحث مقدماتى اين است كه الفاظ عبادات براى خصوص صحيح وضع شده است و يا براى اعمّ از صحيح و فاسد. درباره ثمره فقهى اين بحث ميان صاحب نظران گفتگوهاى زيادى صورت گرفته است. حضرت امام مىفرمايد: ثمره اين بحث عبارت است از جواز تمسّك به اطلاق بنابر اين كه الفاظ براى اعم از صحيح و فاسد وضع شده باشد، تمسّك به اطلاق براى نفى شرط مشکوک صحيح نيست.