این کتاب در پنج فصل تدوین شده است که نگارنده در مقدمه این کتاب با اشاره به مغفول ماندن بعد عرفانی اندیشه‌های امام(س) می‌نویسد:«امام خمینی اگرچه در فقه، فقیهانه، در اصول، اصولی مسلک، در فلسفه، فیلسوفانه، در ادبیات، ادیبانه، در سیاست، سیاستمدارانه و ...پای در عرصه گذاشت؛ اما به باور اهل نظر، بنیادی ترین وجهه ایشان که سنگ بنای نگاه نگاه نافذ هستی‌شناسانه او را رقم زد و تمام داشته‌هایش را متأثر ساخت، عرفان او بود؛ اما دریغ که عرفان او گمنام‌تر از همه ساحت‌های او است...»
حسینی‌فر در فصل اول کتاب «نگاهی به اندیشه عرفانی امام خمینی(س)» با عنوان «کلیات» با نگاهی گذرا به انسان و سیر عرفانی او به تعریف عرفان از منظر لغوی و اصطلاحی پرداخته و به موضوع و جایگاه و منزلت عرفان و تبیین عرفان نظری و عملی می‌پردازد.
فصل دوم این کتاب، تحت عنوان «خاستگاه عرفان اسلامی و رابطه آن با سایر علوم دینی» است که در آن به مباحثی چون «نسبت دین»، «عرفان» «عرفان اسلامی»، «رابطه عرفان و شریعت»، «رابطه عرفان و برهان» و مناقشاتی چون متدیان عرفان گریز و دین گریزان دوستدار عرفان و معنویت پرداخته شده است.
اما در فصل سوم، «حقیقت هستی و هستی حقیقت» به عنوان سرفصل انتخاب شده است. «اصلی‌ترین نظریه‌های پیرامون نسبت و وحدت»، «وحدت ذات از نگاه عارفان» از موضوعات مهمی است که در این فصل به آن پرداخته شده و موضوعاتی چون کثرت و تباین وجودات، وحدت تشکیکی، نظام تشکیک در عرفان و فیض از منظر عارفان مورد بحث و بررسی قرار گرفته است.
در فصل چهارم کتاب «نگاهی به اندیشه عرفانی امام خمینی(س)» با عنوان «اسماء و صفات الهی» نیز به تعریف «اسم» و تفاوت معنای اسماء الهی در نگره عرفی و عرفانی، سلسله مراتب طولی ظهور و تعین اسماء، اسم اعظم پرداخته شده است.
و نهایتاً در فصل پنجم این کتاب با عنوان «پیش درآمدی بر سلوک عرفانی» به اسفار اربعه، نکاتی درباره مقامات و منازل، نگاه ویژه امام خمینی به مقامات پرداخته است. همچنین در این فصل به گام های نخستین سلوک(یقظه، تفکر، توبه و عزم) پرداخته شده و دستورهای سه گانه مشارطه، مراقبه و محاسبه از دیدگاه امام خمینی(س) مورد بررسی قرار گرفته است.